ミサ中の信徒の動作が各小教区で違いがあるように思うのですが、統一すべきではないでしょうか。

典礼の核心に触れるような事でない限り、強いて統一する必要はないでしょう。

ミサ中の基本的な動作・姿勢について、２００５年１１月２９日発効の「新しい『ローマ・ミサ典礼書の総則」に基づく変更箇所』には次のようにあります。

動作・姿勢

司式者を含むすべての参加者の動作や姿勢が、ミサの祭儀全体の美しさや簡素さを大切にし、すべての人の行動的参加を促すものとなるよう考慮します。
個人的な好みや自由裁量によって決めることは望ましくありません。
参加者一同が共通の姿勢を守ることによって、祭儀に集まったすべての人の一致がしるしとして表されます。
日本の適応として、ミサの中では立つことと座ることを基本的な姿勢とします。
立つことが定められている場合でも、健康上の理由や他の重要な理由がある場合は座ることができます。
日本の適応として、パンとぶどう酒の聖別のとき、会衆はひざまずくのではなく立ったまま手を合わせます。
そして、聖別の祈りの後、司祭・助祭とともに手を合わせて深く礼をします。
動作や姿勢について、司牧者は折にふれて説明する機会を設けるよう心がけます。