ミサでは最初の挨拶のところでだけ十字を切ると聞きましたが、終わりの部分で神父さまから祝福を受ける時に十字を切ってはいけないのですか？
特に問題はありませんから、自由になさって下さい。

「総則」やミサの式次第などを見ると、ミサの最初の挨拶のとき全員で十字架のしるしをするようになっています（「総則」暫定版５０）。
しかし、終わりの祝福の時の会衆側の動作については何の指示もありません。
実際には多くの教会で司祭の祝福の動作に合わせて会衆が十字を切っています。

これについては、必要なしという意見もありますが（土屋吉正『ミサがわかる』１５２頁：「祝福を受ける時は「皆さんの上に」のところで少し頭を下げるようにしましょう。十字架のしるしをして受ける習慣もありますが、そのように規定されているわけではありません」）、今では習慣的に根付いていると言ってもいいと思います。

十字架の祝福を受けるとき、受ける側が十字架のしるしをするのは常識なので、わざわざ書かなかったということかも知れません。
「してはいけない」と目くじらを立てるほどのことではないでしょう。