頭を下げる動作をするのが望ましいと思います。
ミサの典礼の規範である『ローマ・ミサ典礼書の総則』暫定版(以下「総則」と呼びます) 275 には、「ニケア・コンスタンチノープル信条の中の『御からだを受け・・・』のことばのとき」に「深く頭を下げる礼」をする、とはっきり書いてあります。
たしかにおっしゃる通り、現在この規定はあまり守られているとは思えません。
受肉の神秘に対する畏敬の念を表現するための動作ですから、できれば復活させ守っていきたいものですね。
この 275 の規定にはこの他に、「父と子と聖霊の名が同時に唱えられるとき、またイエス、おとめマリアおよび、そのミサで祝う聖人の名前に対し頭を下げるだけの一礼をする」という条項もあって、これなどもあまり律義には守られていない気がします。
一方で、聖金曜日の受難の朗読でイエス・キリストが息を引き取られた場面の直後、沈黙のうちに頭をさげて祈るという動作などは今もきちんと守られています。
ここらあたりで、典礼の中の「頭を下げる」という行為の意味をもう一度見直してみてもいいかも知れません。